基于预训练二级结构模型和结构感知注意力的RNA三维结构及构象体预测

trRosettaRNA2是一种端到端深度学习方法，用于预测RNA三维结构及其构象体。它整合了在大量二级结构数据上预训练的模块，以提供碱基配对先验，该模块本身也是性能领先的RNA二级结构预测工具trRNA2-SS。通过结构感知注意力机制，该方法能生成RNA三维结构和构象体。基准测试表明，尽管参数和计算资源更少，其性能仍优于其他方法。在CASP16盲测中，基于该方法的Yang-Server成为顶级自动化服务器，超越了AlphaFold 3。应用显示，trRosettaRNA2能捕捉RNA结构异质性，展现预测构象集合的潜力。